Наиболее радикальным отличием от других игр жанра является то, что кликать можно только на те объекты, которые находятся в зоне досягаемости персонажа, а также то, что можно растягивать или ужимать тело протагониста, что вносит свои коррективы в «традиционность».
Также «Машинариум» примечательна тем, что не содержит диалогов, ни устных, ни записанных. Вместо них игра использует систему анимированных «облачков мыслей».
